با هدف جهت‌دهی حمایت‌های مالیاتی به سمت توسعه نوآوری و اقتصاد دانش‌بنیان بر اساس بند (ب) ماده (۱۱) قانون جهش تولید دانش‌بنیان شرکت‌های دارای فعالیت‌های تحقیق و توسعه از اعتبار مالیاتی برخوردار می‌شوند. به این نحو که معادل هزینه‌های انجام شده در پروژه‌های تحقیق و توسعه به عنوان اعتبار مالیاتی با قابلیت انتقال به سنوات آتی به شرکت‌های دارای پروانه بهره‌برداری یا مجوز فعالیت از مراجع ذی‌ربط اعطا می‌شود و معادل آن از مالیات بر عملکرد مربوط به سال انجام هزینه مذکور یا سال‌های بعد کسر می‌شود.
در واقع معافیت مالیاتی نوعی از حمایت معاونت علمی ریاست‌جمهوری از شرکت‌های دانش‌بنیان است که تا به امروز به این شرکت‌ها تعلق گرفته است؛ درآمد حاصل از فروش کالاها و خدمات دانش‌بنیان سطح متوسط تا پیشرفته تا سقف ۱۰ میلیارد تومان معاف از مالیات هستند. با تغییر در ارزیابی شرکت‌های دانش‌بنیان بخش جدیدی به قانون اضافه شد که به شرکت‌های دانش‌بنیان نوپا که در اوایل مسیر رشد و توسعه کسب و کار خود هستند، با اعطای معافیت مالیاتی، کمک ویژه‌تری می‌کند.
بر اساس قانون جهش تولید دانش‌بنیان مصوب سال ۱۴۰۱، دو نوع حمایت دیگر با عنوان معافیت مالیاتی تحقیق و توسعه و معافیت مالیاتی سرمایه‌گذاری لحاظ شده است. اعتبار مالیاتی امتیاز تشویقی برای شرکت در برخی از حوزه‌ها است و با توجه به میزان امتیاز، برای هر شرکت میزانی از پرداخت مالیاتی آنها در بخش‌های تحقیق و توسعه و سرمایه‌گذاری کاسته می‌شود.
در این دو بخش معافیت مالیاتی یعنی سرمایه‌گذاری و تحقیق و توسعه امتیاز ویژه‌ای برای شرکت‌های دارای پروانه بهره‌برداری یا مجوز فعالیت در نظر گرفته شده است و در صورتی که شرکت‌ها به آن پایبند باشند، از معافیت مالیاتی برخوردار می‌شوند.
اعتبار مالیاتی تحقیق و توسعه به شرکت‌های دارای پروانه بهره برداری یا مجوز فعالیت که دارای فعالیت‌های تحقیق و توسعه‌ای هستند، تعلق می‌گیرد. شرکت‌هایی که در بخش تحقیق و توسعه سرمایه‌گذاری کنند معادل آن سرمایه‌گذاری از اعتبار مالیاتی بهره‌مند می‌شوند. شرکت‌ها می‌توانند از این اعتبار برای مالیات بر عملکرد همان سال و یا حتی سال‌های بعد استفاده کنند.
شاخص‌های تایید پروژه‌های تحقیق و توسعه شامل «دارا بودن برنامه و خروجی مشخص»، «سطح فناوری محصول نهایی پروژه متوسط و رو به بالا»، «جدید در سطح صنعت مربوط در کشور» و «تسلط فنی در پایان پروژه» می‌شود. بر این اساس این پروژه‌ها می‌توانند در انواع تولید محصولات یا خدمت جدید، ارتقای محصولات یا خدمات فعلی و بهبود فرآیندهای تولید و عملیات باشند.
سرفصل‌های مورد تایید هزینه‌کرد اعتبار مالیاتی تحقیق و توسعه به این شرح است:
* تهیه و اجاره فضای کار اختصاصی تحقیق و توسعه
* ماشین‌آلات و تجهیزات
* نیروی انسانی
* مواد اولیه و قطعات مصرفی
* تاییدیه‌ها و استانداردها
* همکاری فناورانه.
اعتبار مالیاتی سرمایه‌گذاری برای شرکت‌ها و مؤسساتی که مایل به سرمایه‌گذاری در شرکت‌های دانش‌بنیان هستند، در نظر گرفته شده است. بخشی از سرمایه‌گذاری‌های این مؤسسات و شرکت‌ها در شرکت‌های دانش‌بنیان به صورت اعتبار مالیاتی با قابلیت انتقال به سال‌های آتی در نظر گرفته می‌شود. این حمایت به شرکت‌ها برای جذب سرمایه خارج از زیست‌بوم نوآوری و با هدف تولید انبوه و یا توسعه محصولات دانش‌بنیان کمک شایانی می‌کند.
